La palabra alquimia procede del árabe al kimiya o al khimiya , que está formada probablemente del artículo al- y de la palabra griega khumeia , que significa "echar juntos", "verter juntos", "soldar", "alear", etcétera (de khumatos, "lo que se vierte", "lingote"). En la Edad Media se solía usar la expresión ars química.

A veces se considera a la palabra crisopeya sinónimo de alquimia, pero ésta es mucho más que la mera búsqueda del método para fabricar oro. La palabra crisopeya viene del griego ???sos, "oro", y po?e?, "hacer". El prefijo criso entra en la formación de palabras en que interviene el oro, como crisoterapia (tratamiento de ciertas enfermedades por medio de sales de oro).

Visión general
La percepción común de los alquimistas es que eran pseudocientíficos que intentaban convertir el plomo en oro, creían que toda materia esta compuesta de los cuatro elementos básicos (tierra, aire, fuego y agua) y se movían en los bordes del misticismo y la magia. Desde la perspectiva actual, sus esfuerzos y creencias tienen una validez limitada, pero si hemos de ser objetivos habría que juzgarlos en el contexto de su época. Ellos intentaban explorar e investigar la naturaleza antes de que muchas de las herramientas y prácticas científicas más básicas estuviesen disponibles, dependiendo en su lugar de las cuentas de la vieja, las tradiciones, las observaciones básicas y el misticismo para rellenar los huecos.

Para entender a los alquimistas, resulta de ayuda considerar lo maravillosamente mágica que parecería la conversión de una sustancia en otra (lo que formaba la base de la metalurgia desde su incepción a finales del Neolítico) en una cultura sin comprensión formal de la física o la química. Para el alquimista, no había razón de peso alguna para separar la dimensión química (material) de la interpretativa, simbólica o filosófica. En aquella época una física desprovista de significado metafísico habría sido tan parcial e incompleta como una metafísica desprovista de manifestación física. Así que los procesos y símbolos alquímicos solían tener tanto un significado interno referido al desarrollo espiritual del profesional como un significado material conectado a la transformación física de la materia.

La transmutación de metales básicos en oro simbolizaba un esfuerzo hacia la perfección o las mayores alturas de la existencia real. Los alquimistas creían que todo el universo tendía a un estado de perfección, y el oro, debido a su inmunidad a la descomposición, se consideraba la más perfecta de las sustancias. Intentando transmutar metales básicos en oro estaban de hecho intentando echar una mano al universo. También era lógico pensar que entender el secreto de la inmutabilidad del oro podría proporcionar la clave para prevenir las enfermedades y la decadencia orgánica. De ahí la intrincada mezcla de temas químicos, espirituales y astrológicos que era característico de la alquimia medieval. De esta forma, las interpretaciones simplistas de algunos alquimistas o las fraudulentas esperanzas abrigadas por otros no deberían devaluar los empeños de practicantes más sinceros. Más aún, el campo de la alquimia evolucionó mucho a lo largo del tiempo, comenzando como una rama metalúrgica y medicinal de la religión, madurando hacia un rico campo de estudio por derecho propio, degenerando hasta el misticismo y el charlatanismo puro, y terminando por proporcionar algo del conocimiento empírico fundamental en los campos de la química y la medicina moderna.

Hasta el siglo XVIII la alquimia fue considerada una ciencia seria en Europa: por ejemplo, Isaac Newton dedicó considerablemente más tiempo y escritos al estudio de la alquimia que a la óptica o la física, por las que es famoso (véase Estudios ocultos de Isaac Newton). Otros eminentes alquimistas del mundo occidental son Roger Bacon, Santo Tomás de Aquino, Tycho Brahe, Thomas Browne y Parmigianino. El declive de la alquimia empezó en el siglo XVIII con el nacimiento de la química moderna, que proporcionó un marco más preciso y fiable a las transmutaciones materiales y la medicina, dentro de un nuevo diseño general del universo basado en el materialismo racional.

La transmutación de la materia, antiguo ideal de la alquimia, disfrutó de un momento dulce en el siglo XX cuando los físicos lograron convertir átomos de plomo en átomos de oro mediante reacciones nucleares. Sin embargo, los nuevos átomos de oro, al ser isótopos inestables, resistían menos de cinco segundos antes de desintegrarse. Más recientemente, informes de transmutación de elementos pesados -mediante electrólisis o cavitación sónica- fueron el origen de la controversia sobre fusión fría de 1989. Ninguno de estos hallazgos pudo ser reproducido con fiabilidad. En cualquier caso, las condiciones necesarias estaban muy lejos del alcance de los antiguos alquimistas.

Un concepto muy importante introducido en esta épico, concebido por Empédocles y desarrollado por Aristóteles, fue que todas las cosas del universo estaban formadas por sólo cuatro elementos: tierra, aire, agua y fuego. Según Aristóteles, cada elemento tenía una esfera a la que pertenecía y a la que regresaría si se le dejaba intacto (Lindsay, p. 16).

Las ideas agustinianas era decididamente antiexperimentales, si bien las técnicas experimentales aristotélicas no fueron rechazadas cuando estuvieron disponibles en Occidente. Aún así, el pensamiento agustiniano estuvo fuertemente arraigado en la sociedad medieval y se usó para mostrar la alquimia como contraria a Dios. Finalmente, en la alta edad media, esta línea de pensamiento creó una permanente escisión que separaba la alquimia de la misma religión que había acogido su nacimiento.

Los filósofos islámicos también hicieron grandes contribuciones al hermeticismo alquímico. Podría decirse que el autor más influyente en este aspecto fue Jabir Ibn Hayyan (en árabe ???? ??? ????, en latín Geberus, normalmente escrito en castellano como Geber). El objetivo primordial de Jabir era la takwin, la creación artificial de vida en el laboratorio alquímico, hasta e incluyendo la vida humana. Jabir analizó cada elemento aristotélico en término de las cuatro cualidades básicas de calor, frío, sequedad y humedad. (Burkhardt, p. 29) De acuerdo con él, en cada metal dos de estas cualidades eran interiores y dos exteriores. Por ejemplo, el plomo era externamente frío y seco, mientras que el oro era caliente y húmedo. De esta forma, teorizaba Jabir, reordenando las cualidades de un metal, podía obtenerse uno diferente. (Burckhardt, p. 29) Con este razonamiento, la búsqueda de la piedra filosofal fue introducida en la alquimia occidental. Jabir desarrolló una elaborada numerología mediante la que las iniciales del nombre de una sustancia en árabe, cuando se les aplicaban varias transformaciones, mantenían correspondencias con las propiedades físicas del elemento.

En este periodo aparecen algunas desviaciones de los principios agustinianos de los primeros pensadores cristianos. San Anselmo (1033-1109) fue un agustiniano que creía que la fe debe preceder al racionalismo, como Agustino y la mayoría de los teólogos anteriores a él había creído, aunque él añadió la opinión de que la fe y el racionalismo eran compatibles y fomentó este último en un contexto cristiano. Sus puntos de vista sentaron las bases para la explosión filosófica que habría de ocurrir. San Abelardo continuó el trabajo de Anselmo, preparando los cimientos para la aceptación del pensamiento aristotélico antes de que las primeras obras de Aristóteles alcanzasen Occidente. Su principal influencia en la alquimia fue su creencia en que los universales platónicos no tenían una existencia separada fuera de la consciencia del hombre. Abelardo también sistematizó el análisis de las contradicciones filosóficas. (Hollister, p. 287-8)

Robert Grosseteste (1170-1253) fue un pionero de la teoría científica que posteriormente sería usada y refinada por los alquimistas. Grosseteste tomó los métodos de análisis de Abelardo y añadió el uso de observaciones, experimentación y conclusiones al realizar evaluaciones científicas. También trabajó mucho para tender en puente entre el pensamiento platónico y el aristotélico. (Hollister, p. 294-5) Alberto Magno (1193-1280) y Tomás de Aquino (1225-1274) fueron dos dominicos que estudiaron a Aristóteles y trabajaron en la reconciliación de las diferencias entre la filosofía y el Cristianismo. Tomás de Aquino también trabajó intensamente en desarrollar el método científico. Incluso fue tan lejos como para afirmar que los universales podrían ser descubiertos sólo mediante el razonamiento lógico: esto contradecía la creencia platónica común en que los universales se encontraban sólo mediante iluminación divina. Ambos estuvieron entre los primeros en emprender el examen de la teoría alquímica, y podrían ser considerados como alquimistas, excepto por el hecho de que hicieron poco en cuanto a experimentación. Una importante contribución de Tomás de Aquino fue la creencia en que dado que la razón no puede oponerse a Dios, debe por tanto ser compatible con la teología. (Hollister p. 290-4, 355)

El primer alquimista auténtico en la Europa medieval fue Roger Bacon. Su obra supuso tanto para la alquimia como la de Robert Boyle para la química y la de Galileo Galilei para la astronomía y la física. Bacon (1214-1294) era un franciscano de Oxford que estudió la óptica y los lenguajes además de la alquimia. Los ideales franciscanos de enfrentarse al mundo en lugar de rechazarlo le llevaron a su convicción de que la experimentación era más importante que el razonamiento: "De las tres formas en las que el hombre piensa que adquiere conocimiento de las cosas: autoridad, razonamiento y experiencia; sólo la última es efectiva y capaz de llevar de paz al intelecto." (Bacon p. 367) "La ciencia experimental controla las conclusiones de todas las otras ciencias. Revela verdades que el razonamiento de los principios generales nunca habría descubierto." (Hollister p. 294-5) A Roger Bacon también se le ha atribuido el inicio de la búsqueda de la piedra filosofal y del elixir de la vida: "Esa medicina que eliminará todas las impurezas y corrupciones de los metales menores también, en opinión de los sabios, quitará tanto de la corruptibilidad del cuerpo que la vida humana podrá ser prolongada durante muchos siglos." La idea de la inmortalidad fue reemplazada por la noción de la longevidad; después de todo, el tiempo que el hombre pasa en la Tierra era simplemente para esperar y prepararse para la inmortalidad en el mundo de Dios. La inmortalidad en la Tierra no encajaba con la teología cristiana. (Edwards p. 37-8) Bacon no fue el único alquimista de esta época, pero sí el más importante. Sus obras fueron usadas por incontables alquimistas entre los siglos XV y XIX. Otros alquimistas de su misma épica compartieron diversos rasgos. Primero, y más obviamente, casi todos fueron miembros del cero. Esto se debía simplemente a que poca gente fuera de las escuelas parroquiales tenía la educación necesaria para examinar las obras derivadas del árabe. Además, la alquimia en esta época era autorizada por la iglesia como un buen método de explorar y desarrollar la teología. La alquimia era interesante para la amplia variedad de clérigos porque ofrecía una visión racionalista del universo donde los hombres apenas estaban empezando a aprender sobre el racionalismo. (Edwards p. 24-7)

Así que hacia finales del siglo XIII, la alquimia se había desarrollado hasta un sistema de creencias bastante estructurado. Es más: todos los alquimistas eran auténticos cristianos. Creían en la teorías de Hermes sobre el macrocosmos-microcosmos, es decir, creían que los procesos que afectan a los minerales y otras sustancias podían tener un efecto en el cuerpo humano (por ejemplo, si uno pudiera aprender el secreto de purificar oro, podría usarse la misma técnica para purificar el alma humana). Estos hombres creían que la piedra filosofal era una sustancia capaz de purificar metales básicos (y por tanto transmutarlos en oro) así como de purificar el alma. Creían en los cuatro elementos y las cuatro cualidades anteriormente descritas, y tenían una fuerte tradición de esconder sus ideas escritas en un laberinto de jerga codificada lleno de trampas para despistar a los no iniciados. Por último, los alquimistas practicaban su arte: experimentaban activamente con sustancias químicas y hacían observaciones y teorías sobre cómo funcionaba el universo. Toda su filosofía giraba en torno a su creencia en que el alma del hombre estaba dividida dentro de él tras la caída de Adán. Purificando las dos parte del alma del hombre, éste podría reunirse con Dios. (Burckhardt p. 149)

En el siglo XIV, estos puntos de vista sufrieron un cambio importante. Guillermo de Ockham, un franciscano de Oxford que murió en 1349, atacó la visión tomista de la compatibilidad entre la fe y la razón. Su opinión, hoy ampliamente aceptada, era que Dios debe ser aceptado sólo con la fe, pues Él no podía ser limitado por la razón humana. Por supuesto este punto de vista no era incorrecto si uno aceptaba el postulado de un Dios ilimitado frente a la limitada capacidad humana para razonar, pero eliminó virtualmente a la alquimia como práctica aceptada en los siglos XIV y XV. (Hollister p. 335) El papa Juan XXII publicó a principios de los años 1300 un edicto contra la alquimia, que efectivamente retiró a todos los miembros de la iglesia de la práctica del arte. (Edwards, p.49) Los cambios climáticos, la peste negra y el incremento de guerras y hambrunas que caracterizaron a este siglo sirvieron también sin duda de obstáculo al ejercicio filosófico en general.

La alquimia se mantuvo viva gracias a hombre como Nicolas Flamel, digno de mención sólo porque fue uno de los pocos alquimistas que escribieron en estos tiempos difíciles. Flamel vivió entre 1330 y 1417 y serviría como arquetipo para la siguiente fase de la alquimia. No fue un investigador religiosos como muchos de sus predecesores, y todo su interés en el arte giraba en torno a la búsqueda de la piedra filosofal, que se dice que halló: sus obras emplean gran cantidad de espacio describiendo los procesos y reacciones, pero nunca llegan a dar la fórmula para lograr las transmutaciones. La mayoría de su obra estaba dedicada a recoger el saber alquímico anterior a él, especialmente en lo relacionado a la piedra filosofal. (Burckhardt p. 170-181)

Durante la alta Edad Media (1300-1500) los alquimistas fueron muy parecidos a Flamel: se concentraron en la búsqueda de la piedra filosofal y el elixir de la juventud, que ahora se cree que eran cosas separadas. Sus alusiones crípticas y su simbolismo llevaron a grandes variaciones en la interpretación del arte. Por ejemplo, muchos alquimistas durante este periodo interpretaban que la purificación del alma significaba la transmutación del plomo en oro (en la que creían que el mercurio jugaba un papel crucial). Estos hombres eran considerados magos y hechiceros por muchos, y fueron con frecuencia perseguidos por sus prácticas. (Edwards p. 50-75; Norton p. lxiii-lxvii) Tycho Brahe, más conocido por sus investigaciones astronómicas y astrológicas, era también un alquimista. Tuvo un laboratorio expresamente construido para ello en Uraniborg, su observatorio e instituto de investigación.

El nombre más importante de este periodo es Paracelso (1493-1541), quien dio a la alquimia una nueva forma, rechazando parte del ocultismo que había acumulado a lo largo de los años y promoviendo el uso de observaciones y experimentos para aprender sobre el cuerpo humano. Paracelso rechazó las tradiciones gnósticas, pero mantuvo mucho de las filosofías hermética, neoplatónica y pitagórica; sin embargo, la ciencia hermética tenía tanta teoría aristotélica que su rechazo del gnosticismo era prácticamente insignificante. En particular, rechazó las teorías mágicas de Flamel y Agrippa. Paracelso no se veía a sí mismo como un mago, y desdeñaba a quienes lo hacían. (Williams p.239-45)

Paracelso fue pionero en el uso de compuestos químicos y minerales en medicina, y escribió que "Muchos han dichos que la alquimia es para fabricar oro y plata. Para mí no es tal el propósito, sino considerar sólo la virtud y el poder que puede haber en las medicinas." (Edwards, p.47) Sus puntos de vista herméticos eran que la enfermedad y la salud del cuerpo dependían de la armonía del hombre (el microcosmos) y la Naturaleza (el macrocosmo). Paracelso dio un enfoque diferente al de sus predecesores, usando esta analogía no como referencia a la purificación del alma sino como a que los humanos deben mantener ciertos equilibrios de minerales en sus cuerpos, y que para ciertas enfermedades de éstos había remedios químicos que podían curarlas. (Debus y Multhauf, p. 6-12) Mientras sus intentos de tratar enfermedades con remedios tales como el mercurio podrían parecer contraproducentes desde un punto de vista moderno, su idea básica de medicinas producidas químicamente ha permanecido vigente sorprendentemente bien.

Robert Boyle (1627-1691), más conocido por sus estudios sobre los gases (véase la ley de Boyle), fue uno de los pioneros del método científico en las investigaciones químicas. Boyle no asumía nada en sus experimentos y recopilaba todos los datos relevantes: en un experimento típico, Boyle anotaba el lugar en el que se efectuaba, las características del viento, las posiciones del sol y la luna, la lectura barométrica, por si luego resultasen ser relevantes. (Pilkington p. 11) Este enfoque terminó llevando a la fundación de la química moderna en los siglos XVIII y XIX, basada en los revolucionarios descubrimientos de Lavoisier y John Dalton, que finalmente proporcionaron un marco de trabajo lógico, cuantitativo y fiable para entender las transmutaciones de la materia, y revelaron la futilidad de las tradicionales metas alquímicas tales como la piedra filosofal. Mientras tanto, la alquimia paracélsica llevó al desarrolló de la medicina moderna. Los experimentalistas descubrieron gradualmente los mecanismos del cuerpo humano, tales como la circulación de la sangre (Harvey, 1616), y finalmente localizaron el origen de muchas enfermedades en las infecciones con gérmenes (Koch y Pasteur, siglo XIX) o la falta de nutrientes y vitaminas naturales (Lind, Eijkman, Funk, et al.). Apoyada en el desarrollo paralelo de la química orgánica, la nueva ciencia desplazó fácilmente a la alquimia en sus aplicaciones médicas, interpretativas y prescriptivas, mientras apagaba su esperanza en elixires milagrosos y mostraba la inefectividad e incluso toxicidad de sus remedios.

De esta forma, a medida que la ciencia siguió incesantemente descubriendo y racionalizando los mecanismos del universo, fundada en su propia metafísica materialista, la alquimia fue quedando despojada de sus conexiones química y médica, pero incurablemente sujeta a ellas. Reducida a un sistema filosófico arcano, pobremente conectada al mundo material, la alquimia sufrió el destino común a otras disciplinas esotéricas tales como la astrología y la cábala: excluida de los estudios universitarios, rechazada por sus antiguos mecenas, relegada al ostracismo por los científicos, y considerada habitualmente como el epítome de la charlatanería y la superstición.

Un alquimista llamado Melquíades es un personaje de la clásica novela de Gabriel García Mázquez Cien años de soledad. El motivo alquímico añade una sensación mágica a la novela (véase realismo mágico). En la segunda parte de Fausto, Johann Wolfgang von Goethe muestra a Wagner, el sirviente de Fausto, usando la alquimia para crear un homúnculo.

La alquimia y la piedra filosofal es también de gran importancia en la trama del anime Full Metal Alchemist.

Las maneras y métodos de la alquimia también son esenciales en la exitosa novela de Paulo Coelho El alquimista.